La Generación de los Milagros
cuenta la historia de un jugador de baloncesto llamado Kuroko Tetsuya y el equipo del instituto Seirin. El manga empieza relatándonos la historia del equipo conocido como "el más fuerte", cinco jugadores que conforman el equipo de baloncesto de la escuela media Teikou más conocido como la "Generación de los Milagros". Sin embargo, aún existe un jugador que ésos 5 reconocen como superior, Kuroko, "el sexto jugador fantasma". Tras acabar la escuela media, los jugadores de la "Generación de los Milagros deciden ir cada uno a un instituto diferente y luchar por ser los números 1 con sus respectivos equipos.
Kuroko decide entrar en el recientemente creado instituto Seirin. Un instituto que el año pasado con un equipo formado únicamente por jugadores de primer año, había conseguido llegar a la liga final de Tokio. Junto con Kuroko, entra otro novato: Kagami Taiga, un jugador con unas habilidades físicas y técnicas excepcionales. Juntos deciden llevar a Seirin a la cima del baloncesto japonés y derrotar a todos los jugadores de la Generación de los Milagros.